Endoskopi genellikle planlı ve iyi tolere edilen bir işlemdir. Hastaların bireysel tıbbi durumları uygun şekilde değerlendirilerek çoğu hastaya güvenle uygulanabilir. Örneğin, kalp pili olan kişilerde dahi sürekli kalp ritmi takibi altında endoskopi yapılabilmektedir. Bununla birlikte, bilinen veya şüphelenilen gastrointestinal sistem tıkanıklıkları veya şiddetli disfaji (yutma güçlüğü) olan hastalarda endoskopi genellikle kontrendikedir.