La endoscopia es típicamente un procedimiento planificado y bien tolerado. Se puede realizar de forma segura en la mayoría de los pacientes, con una evaluación adecuada de su condición médica individual. Por ejemplo, las personas con marcapasos pueden someterse a una endoscopia bajo monitoreo continuo del ritmo cardíaco. Sin embargo, la endoscopia está generalmente contraindicada en pacientes con obstrucciones conocidas o sospechadas del tracto gastrointestinal o disfagia severa (dificultad para tragar).