L'endoscopie est généralement une procédure planifiée et bien tolérée. Elle peut être réalisée en toute sécurité chez la plupart des patients, après une évaluation appropriée de leur état de santé individuel. Par exemple, les personnes porteuses d'un stimulateur cardiaque peuvent subir une endoscopie sous surveillance continue du rythme cardiaque. Cependant, l'endoscopie est généralement contre-indiquée chez les patients présentant des obstructions connues ou suspectées du tractus gastro-intestinal ou une dysphagie sévère (difficultés à avaler).