Эндоскопия, как правило, является плановой и хорошо переносимой процедурой. Она может быть безопасно выполнена большинству пациентов при соответствующей оценке их индивидуального медицинского состояния. Например, лица с кардиостимуляторами могут пройти эндоскопию под постоянным контролем сердечного ритма. Однако эндоскопия обычно противопоказана пациентам с известными или предполагаемыми обструкциями желудочно-кишечного тракта или тяжелой дисфагией (затруднением глотания).