Лечение синдрома Шегрена в первую очередь направлено на облегчение симптомов. Для сухости глаз эффективно используются искусственные слезы и различные глазные капли. В борьбе с сухостью во рту большое значение имеет регулярное полоскание, тщательная гигиена полости рта и постоянное увлажнение рта. Учитывая частое возникновение кариеса у этих пациентов, такие меры, как жевание жевательной резинки, могут помочь сохранить здоровье полости рта. В случаях, когда появляются системные симптомы, помимо сухости глаз и рта, в лечение могут быть включены иммуносупрессивные препараты, в частности стероиды.

Если синдрому Шегрена сопутствуют другие аутоиммунные заболевания, их лечение проводится в первую очередь. Кроме того, у лиц с диагнозом синдрома Шегрена повышен риск развития лимфомы по сравнению с общей популяцией.