Клаустрофобия, как и другие специфические фобии, связана с гиперактивацией определенных областей мозга. Хотя точные причины клаустрофобии варьируются у разных людей и не до конца изучены, несколько теорий предлагают потенциальные истоки.

Детская травма
Считается, что факторы окружающей среды, такие как детская травма, способствуют развитию клаустрофобии. Например, такие переживания, как запирание в замкнутом пространстве в детстве, будь то в качестве наказания или по другим причинам, могут предрасполагать человека к развитию клаустрофобии в более позднем возрасте.

Восприятие ближнего пространства
Мозг по-разному обрабатывает восприятие ближнего и дальнего пространства. Существуют специфические нейроны, которые активируются в ответ на объекты, расположенные близко к телу или приближающиеся к нему. Большинство людей демонстрируют легкий левосторонний перцептивный сдвиг при рассмотрении объектов в ближнем пространстве; этот сдвиг смещается вправо для удаленных объектов. Скорость, с которой этот сдвиг перемещается слева направо по мере увеличения расстояния, может служить индикатором воспринимаемого размера ближнего пространства. Клаустрофобия может возникать из-за перцептивных различий в этом «личном пространстве». Например, исследование 2011 года выявило корреляцию между более широким воспринимаемым ближним пространством и более тяжелой клаустрофобией.

Генетическая предрасположенность
Генетический компонент также может лежать в основе клаустрофобии. Исследование 2013 года выявило более высокую частоту мутации в гене GPM6A среди людей с клаустрофобией, что предполагает потенциальную генетическую предрасположенность.