Диагностика дизентерии включает комплексную оценку. Обычно это включает оценку представленных симптомов пациента, в частности диареи, и результатов физического осмотра. Для окончательной диагностики и идентификации возбудителя крайне важны лабораторные исследования. Они часто включают микроскопическое исследование образцов кала, посев кала и молекулярные тесты, такие как ИФА или ПЦР.