O tratamento para embolia pulmonar geralmente dura pelo menos seis meses. Dependendo da gravidade da condição, uma parte do tratamento pode exigir hospitalização. Em casos onde há predisposições genéticas como deficiência de Proteína C, mutação do Fator V Leiden ou deficiência de antitrombina III, o paciente pode precisar usar medicação anticoagulante por toda a vida.