Le traitement de l'embolie pulmonaire dure généralement au moins six mois. Selon la gravité de l'affection, une partie du traitement peut nécessiter une hospitalisation. Dans les cas où des prédispositions génétiques telles que le déficit en protéine C, la mutation du facteur V de Leiden ou le déficit en antithrombine III sont présentes, le patient pourrait devoir utiliser des anticoagulants à vie.