O colonoscópio é um tubo flexível que abriga uma câmera integrada e uma fonte de luz em sua ponta. O dispositivo também possui um mecanismo de insuflação de ar para facilitar a visualização detalhada do intestino grosso, e um canal de trabalho que permite a remoção de estruturas como pólipos quando necessário. A porção flexível do colonoscópio tem tipicamente aproximadamente 60 cm de comprimento e 1 cm de diâmetro.