Uma dor abdominal leve e tolerável pode ser sentida durante e após o procedimento de CPRE. Essa dor é efetivamente controlada com os analgésicos administrados. Flatulências podem ocorrer por até aproximadamente três horas após o procedimento. Mesmo que o paciente não apresente queixas, uma internação de um dia é recomendada como precaução geral e para acompanhamento.