Durante y después del procedimiento de CPRE, se puede experimentar un dolor abdominal leve y tolerable. Este tipo de dolor se controla eficazmente con los analgésicos administrados. La flatulencia puede ocurrir hasta aproximadamente tres horas después del procedimiento. Incluso si el paciente no presenta ninguna queja, se recomienda una hospitalización de un día como medida de precaución general y para el seguimiento.