Une légère et tolérable douleur abdominale peut être ressentie pendant et après la procédure CPRE. Ces douleurs sont efficacement contrôlées par les analgésiques administrés. Des flatulences peuvent survenir jusqu'à environ trois heures après l'intervention. Même si le patient ne présente aucune plainte, une hospitalisation d'une journée est recommandée à titre de précaution générale et pour le suivi.