Várias condições podem ser confundidas com a Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA); as mais notáveis são a Esclerose Múltipla (EM) e a doença de Parkinson.

A Esclerose Múltipla é uma das condições mais comuns que podem mimetizar a ELA. Em seus estágios iniciais, tanto a ELA quanto a EM podem apresentar sintomas semelhantes, como rigidez muscular, espasmos e dificuldade para caminhar. No entanto, à medida que essas doenças progridem, suas características distintas tornam-se mais aparentes. A EM é uma doença autoimune que afeta a bainha de mielina das células nervosas no cérebro e na medula espinhal, enquanto a ELA é uma doença degenerativa que afeta principalmente os neurônios motores superiores e inferiores, muitas vezes começando em uma parte localizada do corpo.

A doença de Parkinson também compartilha algumas semelhanças iniciais com a ELA. Sintomas como instabilidade postural nos estágios iniciais podem levar à confusão diagnóstica. No entanto, o Parkinson afeta principalmente regiões específicas do cérebro, em vez de um impacto generalizado nos neurônios por todo o corpo.