A gastrectomia vertical, semelhante a outros procedimentos cirúrgicos bariátricos e metabólicos, é geralmente contraindicada para pacientes com condições médicas significativas não controladas, como doença cardíaca ativa, insuficiência pulmonar avançada ou malignidade ativa. Além disso, indivíduos que não possuem a capacidade cognitiva para compreender totalmente o processo cirúrgico, seus riscos e as imperativas modificações dietéticas e de estilo de vida pós-operatórias (seja devido a condições congênitas ou a um comprometimento adquirido) não são considerados candidatos adequados. Especificamente para a gastrectomia vertical, pacientes com doença do refluxo gastroesofágico (DRGE) grave preexistente geralmente não são recomendados para este procedimento.