La gastrectomía en manga, similar a otros procedimientos quirúrgicos bariátricos y metabólicos, está generalmente contraindicada para pacientes con condiciones médicas significativas no controladas como enfermedad cardíaca activa, insuficiencia pulmonar avanzada o malignidad activa. Además, los individuos que carecen de la capacidad cognitiva para comprender completamente el proceso quirúrgico, sus riesgos y las imperativas modificaciones dietéticas y de estilo de vida postoperatorias (ya sea debido a condiciones congénitas o a un deterioro adquirido) no se consideran candidatos adecuados. Específicamente para la gastrectomía en manga, a los pacientes con enfermedad por reflujo gastroesofágico (ERGE) grave preexistente generalmente no se les recomienda este procedimiento.