Die Schlauchmagenoperation, ähnlich wie andere bariatrische und metabolische chirurgische Verfahren, ist in der Regel kontraindiziert für Patienten mit signifikanten unkontrollierten medizinischen Zuständen wie aktiver Herzerkrankung, fortgeschrittener Lungeninsuffizienz oder aktiver Malignität. Darüber hinaus werden Personen, denen die kognitive Fähigkeit fehlt, den chirurgischen Prozess, seine Risiken und die zwingenden postoperativen Ernährungs- und Lebensstilanpassungen vollständig zu verstehen (sei es aufgrund angeborener Zustände oder erworbener Beeinträchtigungen), nicht als geeignete Kandidaten angesehen. Speziell für die Schlauchmagenoperation werden Patienten mit schwerer präexistenter gastroösophagealer Refluxkrankheit (GERD) in der Regel nicht für diesen Eingriff empfohlen.