A abordagem cirúrgica para a correção da onfalocele varia de acordo com o tamanho do defeito.
Em casos de onfalocele menor, os órgãos contidos no saco fora da parede abdominal são cuidadosamente recolocados na cavidade abdominal logo após o nascimento, e o defeito é fechado cirurgicamente.
Para onfaloceles maiores, o tratamento frequentemente envolve uma reparação em etapas ou o uso de um enxerto ou tela. Em bebês com onfaloceles grandes que envolvem o fígado e outros órgãos viscerais, pode não ser viável retornar todos os órgãos externalizados à cavidade abdominal em um único procedimento. Isso pode ser devido a um volume abdominal insuficiente ou a potenciais problemas respiratórios. Nessas situações, a reparação cirúrgica é realizada gradualmente ao longo do tempo, muitas vezes em múltiplas etapas.