O tratamento da doença do seio pilonidal exige uma abordagem personalizada para cada paciente, pois não existe um único método cirúrgico padrão. O plano de tratamento é determinado considerando o estágio da doença e a condição geral do paciente.

Em casos de abcesso agudo do seio pilonidal, geralmente é realizada uma drenagem de emergência (esvaziamento do abcesso). Esta condição pode levar a dor intensa e infecção. Após a drenagem simples do abcesso, o paciente pode ser preparado para uma operação eletiva (planeada). Alternativamente, há também uma alta chance de cura com uma única cirurgia, excisando a pele sobre a cavidade do abcesso de forma semelhante a um retalho e permitindo que a ferida cicatrize por segunda intenção.

Para a doença crônica do seio pilonidal, diversas opções de tratamento estão disponíveis. As abordagens de tratamento conservadoras incluem a estimulação da formação de tecido de granulação através da irritação da cavidade com fenol, cauterização, crioterapia, nitrato de prata ou álcool. Embora estes métodos sejam menos dispendiosos, podem ocorrer complicações como problemas de cicatrização da ferida, e a taxa de recorrência é de aproximadamente 5%.

Os métodos de tratamento cirúrgico incluem:
* Cistotomia: Um método em que a parte superior da cavidade sinusal é aberta e a ferida é deixada para cicatrizar por segunda intenção. A taxa de recorrência está entre 5-19%.
* Fechamento Primário: A ferida é suturada borda a borda após a remoção do seio. A taxa de recorrência é de cerca de 15%.
* Cistectomia e Cicatrização Secundária: O objetivo é permitir que a ferida se feche sozinha após a remoção do cisto, deixando-a aberta. Este processo pode levar de 1 a 2 meses e exige trocas diárias de curativos. A taxa de recorrência está entre 1-6%.
* Microsinusectomia: Este método, preferido especialmente para seios pequenos, envolve a remoção do seio juntamente com sua cápsula e a reparação primária. A taxa de recorrência é de aproximadamente 15%.
* Métodos com Retalho (Cirurgia Fechada): Em situações em que a cavidade criada após a remoção do cisto é muito ampla para um fechamento primário, os tecidos circundantes são mobilizados para fechar a lacuna. Os tipos incluem o retalho de Limburg, retalho de rotação e retalho em Z-plastia. Esses métodos são considerados superiores a outros, e suas taxas de recorrência (0-3%) são muito baixas. A tensão reduzida nas bordas da ferida resulta em menos dor para os pacientes e um retorno mais rápido ao trabalho. O único desvantagem é que o local da incisão cirúrgica pode ser ligeiramente maior.
* Tratamento Endoscópico do Seio Pilonidal (EPSiT): Nesta técnica moderna, uma câmera fina é utilizada para entrar na cavidade sinusal e, diferentemente do laser, a estrutura interna do seio é ablacionada termicamente sob visão direta. Destaca-se como uma nova e atraente opção devido à sua indoloridade e retorno mais rápido à vida diária. As taxas de recorrência são semelhantes aos métodos a laser.

Durante a cirurgia do seio pilonidal, o paciente tipicamente se deita em posição prona. As opções de anestesia podem incluir anestesia local, anestesia espinhal (peridural) ou anestesia geral. O tipo de anestesia a ser administrado antes da cirurgia é decidido em conjunto pelo anestesista, o cirurgião geral e o paciente.