Le traitement de la maladie du sinus pilonidal nécessite une approche personnalisée pour chaque patient, car il n'existe pas de méthode chirurgicale standard unique. Le plan de traitement est déterminé en tenant compte du stade de la maladie et de l'état général du patient.

En cas d'abcès du sinus pilonidal aigu, un drainage d'urgence (vidange de l'abcès) est généralement effectué. Cette affection peut entraîner une douleur intense et une infection. Après un drainage simple de l'abcès, le patient peut ensuite être préparé pour une opération élective (planifiée). Alternativement, il existe également une forte chance de guérison en une seule chirurgie en excisant la peau au-dessus de la cavité de l'abcès sous forme de lambeau et en permettant à la plaie de cicatriser par seconde intention.

Pour la maladie chronique du sinus pilonidal, diverses options de traitement sont disponibles. Les approches de traitement conservatrices incluent la stimulation de la formation de tissu de granulation en irritant la cavité avec du phénol, de la cautérisation, de la cryothérapie, du nitrate d'argent ou de l'alcool. Bien que ces méthodes soient moins coûteuses, des complications telles que des problèmes de fermeture de plaie peuvent survenir, et le taux de récidive est d'environ 5%.

Les méthodes de traitement chirurgical comprennent :
* Cystotomie: Une méthode où la partie supérieure de la cavité sinusale est ouverte et la plaie est laissée à cicatriser par seconde intention. Le taux de récidive se situe entre 5 et 19 %.
* Fermeture Primaire: La plaie est suturée bord à bord après l'ablation du sinus. Le taux de récidive est d'environ 15 %.
* Cystectomie et Cicatrisation Secondaire: L'objectif est de laisser la plaie ouverte après l'ablation du kyste pour qu'elle se referme d'elle-même. Ce processus peut prendre 1 à 2 mois et nécessite des changements de pansements quotidiens. Le taux de récidive se situe entre 1 et 6 %.
* Microsinussectomie: Cette méthode, préférée notamment pour les petits sinus, implique l'ablation du sinus avec sa capsule et une réparation primaire. Le taux de récidive est d'environ 15 %.
* Méthodes par Lambeau (Chirurgie Fermée): Dans les situations où la cavité créée après l'ablation du kyste est trop large pour une fermeture primaire, les tissus environnants sont mobilisés pour combler le vide. Les types incluent le lambeau de Limburg, le lambeau de rotation et le lambeau de Z-plastie. Ces méthodes sont considérées comme supérieures aux autres, et leurs taux de récidive (0-3%) sont très faibles. La tension réduite sur les bords de la plaie entraîne moins de douleur pour les patients et un retour au travail plus rapide. Le seul inconvénient est que le site de l'incision chirurgicale peut être légèrement plus grand.
* Traitement Endoscopique du Sinus Pilonidal (EPSiT): Dans cette technique moderne, une caméra mince est utilisée pour pénétrer dans la cavité sinusale et, contrairement au laser, la structure interne du sinus est thermiquement ablatée sous vision directe. Elle se distingue comme une nouvelle option attrayante en raison de son caractère indolore et de son retour plus rapide à la vie quotidienne. Les taux de récidive sont similaires aux méthodes laser.

Lors de la chirurgie du sinus pilonidal, le patient est généralement allongé en position ventrale. Les options d'anesthésie peuvent inclure l'anesthésie locale, l'anesthésie spinale (rachianesthésie) ou l'anesthésie générale. Le type d'anesthésie à administrer avant la chirurgie est décidé conjointement par l'anesthésiste, le chirurgien généraliste et le patient.