गर्भ में हृदय का विकास आमतौर पर गर्भावस्था के पहले 6 से 10 सप्ताह के भीतर पूरा हो जाता है। इसका मतलब है कि जब तक एक महिला को अपनी गर्भावस्था का पता चलता है, तब तक बच्चे के हृदय की संरचना काफी हद तक बन चुकी होती है। गर्भावस्था के इन महत्वपूर्ण पहले 10 हफ्तों के दौरान सामने आने वाले विभिन्न प्रतिकूल कारक जन्मजात हृदय रोगों के विकास की प्रवृत्ति पैदा कर सकते हैं। विशेष रूप से आनुवंशिक रूप से संवेदनशील शिशुओं में, इस अवधि के दौरान संक्रमण, विकिरण, विद्युत चुम्बकीय क्षेत्रों, कुछ दवाओं या हानिकारक पदार्थों (जैसे शराब, अवैध ड्रग्स, वायु प्रदूषण आदि) के संपर्क में आना, साथ ही अपर्याप्त मातृ पोषण, फ़ैलोट टेट्रालॉजी जैसी जन्मजात हृदय स्थितियों के लिए संभावित जोखिम कारक माने जाते हैं। हालांकि, फ़ैलोट टेट्रालॉजी पर इन जोखिम कारकों के सटीक प्रभावों के बारे में निश्चित, साक्ष्य-आधारित जानकारी अभी पूरी तरह से उपलब्ध नहीं है। रोग का उद्भव आमतौर पर एक बहु-कारकीय प्रक्रिया है, जो कई कारकों के अभिसरण से आकार लेती है।