प्रोलिथेरेपी की सुरक्षा काफी हद तक प्रक्रिया करने वाले चिकित्सक के अनुभव और प्रशिक्षण पर निर्भर करती है। पर्याप्त ज्ञान और व्यावहारिक अनुभव वाले डॉक्टरों द्वारा किए जाने पर, प्रोलिथेरेपी आमतौर पर एक सुरक्षित तरीका है। हालांकि, किसी भी प्रक्रिया की तरह जिसमें जोड़ में पदार्थ का इंजेक्शन शामिल होता है, संभावित जोखिम मौजूद होते हैं। इन संभावित दुष्प्रभावों में शामिल हो सकते हैं: इंजेक्शन स्थल पर दर्द और अकड़न, रक्तस्राव, चोट और सूजन, संक्रमण, एलर्जी प्रतिक्रियाएं।