अस्थि मज्जा (स्टेम सेल) प्रत्यारोपण के बाद, प्रतिरक्षा प्रणाली के पुनर्गठन और स्वस्थ नई रक्त कोशिकाओं के उत्पादन में काफी समय लग सकता है। प्रत्यारोपण के बाद प्रतिरक्षा रिकवरी विभिन्न कारकों से प्रभावित होती है। इनमें स्टेम कोशिकाओं का स्रोत, दिए गए इम्यूनोसप्रेसिव उपचार, संभावित जटिलताएं और विभिन्न प्रतिरक्षा कोशिका उपप्रकारों की अलग-अलग रिकवरी समय-सीमा शामिल हैं। परिणामस्वरूप, पूर्ण प्रतिरक्षा पुनर्गठन में पांच साल तक का समय लग सकता है। इस लंबी रिकवरी अवधि के दौरान, अस्थि मज्जा प्रत्यारोपण से गुजरने वाले मरीजों को संक्रमण का अधिक जोखिम होता है और उन्हें सख्त निवारक उपायों का पालन करना चाहिए। इसके अतिरिक्त, रक्त कोशिका गणना (साइटोपेनिया) में अस्थायी कमी आम है। इससे एनीमिया, अत्यधिक रक्तस्राव, चोट लगने और संक्रमण के प्रति संवेदनशीलता में वृद्धि जैसी जटिलताएं हो सकती हैं। कुछ मरीजों को इस अवधि के दौरान रक्त आधान की आवश्यकता हो सकती है।