कैप्सूल एंडोस्कोपी के कई नुकसान हैं। पारंपरिक एंडोस्कोपिक प्रक्रियाओं के विपरीत, यह वास्तविक समय की कल्पना या चिकित्सक नियंत्रण प्रदान नहीं करता है, जिसका अर्थ है कि विशिष्ट क्षेत्रों की दोबारा जांच नहीं की जा सकती, विभिन्न कोणों से नहीं देखा जा सकता, या बेहतर मूल्यांकन के लिए बाधा डालने वाले स्रावों को साफ नहीं किया जा सकता। इसके अलावा, यह बायोप्सी नहीं कर सकता, जो पॉलीप्स, अल्सर, रक्तस्राव स्थलों या गांठों जैसी पहचानी गई चोटों के निश्चित निदान के लिए महत्वपूर्ण हैं। कैप्सूल एंडोस्कोपी में चिकित्सीय क्षमताएं भी नहीं हैं; उदाहरण के लिए, यह रक्तस्राव का पता लगा सकता है लेकिन इसे रोकने के लिए हस्तक्षेप नहीं कर सकता। अंत में, यह प्रक्रिया अक्सर महंगी होती है और कई बीमा प्रदाताओं द्वारा कवर नहीं की जा सकती है।