एंडोस्कोपी आमतौर पर एक नियोजित और अच्छी तरह से सहन की जाने वाली प्रक्रिया है। इसे अधिकांश रोगियों पर, उनकी व्यक्तिगत चिकित्सा स्थिति के उचित मूल्यांकन के साथ, सुरक्षित रूप से किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, पेसमेकर वाले व्यक्ति निरंतर हृदय ताल की निगरानी में एंडोस्कोपी करा सकते हैं। हालांकि, ज्ञात या संदिग्ध गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल ट्रैक्ट रुकावटों या गंभीर डिस्फेगिया (निगलने में कठिनाई) वाले रोगियों में एंडोस्कोपी आमतौर पर वर्जित है।