L'IRM cardiaque n'a généralement pas d'effets secondaires graves connus. Cependant, il existe un risque de réactions allergiques à l'agent de contraste utilisé pendant la procédure, et chez les patients souffrant d'insuffisance rénale préexistante, il existe un risque de détérioration temporaire de la fonction rénale si les précautions nécessaires ne sont pas prises. En dehors de ces situations, il s'agit généralement d'une procédure sûre.