Eine Herz-MRT hat im Allgemeinen keine bekannten schwerwiegenden Nebenwirkungen. Es besteht jedoch das Risiko allergischer Reaktionen auf das während des Verfahrens verwendete Kontrastmittel, und bei Patienten mit vorbestehender Niereninsuffizienz besteht das Risiko einer vorübergehenden Verschlechterung der Nierenfunktion, wenn die notwendigen Vorsichtsmaßnahmen nicht getroffen werden. Abgesehen von diesen Situationen ist es im Allgemeinen ein sicheres Verfahren.