L'endométriose peut être une cause importante d'infertilité chez les femmes ayant des difficultés à concevoir. Dans certains cas, le tissu cicatriciel (adhérences) causé par l'endométriose peut entraîner des blocages dans les trompes de Fallope, empêchant la grossesse. Cependant, chez la plupart des femmes, les mécanismes exacts par lesquels l'endométriose affecte la fertilité ne sont pas encore entièrement compris.

Les mécanismes par lesquels l'endométriose peut contribuer à l'infertilité incluent :
Diminution de la réserve ovarienne : Elle peut réduire le nombre d'ovules dans les ovaires (réserve ovarienne).
Dysfonctionnement ovulatoire : Elle peut perturber l'ovulation régulière.
Obstruction des trompes de Fallope : Elle peut provoquer des blocages dans les trompes, empêchant l'union des spermatozoïdes et de l'ovule.
Production de toxines : Elle peut entraîner la production de toxines naturelles susceptibles d'affecter négativement les spermatozoïdes ou de nuire à l'embryon.
Échec d'implantation : Elle peut empêcher l'embryon de s'implanter dans la paroi utérine.
Impact négatif sur le développement de l'embryon : Elle peut altérer le développement sain de l'embryon.