La biopsie par aspiration à l'aiguille fine (BAF) de la thyroïde est généralement considérée comme une procédure très sûre. Cependant, comme toute procédure médicale, elle comporte quelques risques potentiels mineurs. Ces risques comprennent généralement un saignement mineur ou des ecchymoses au site de la biopsie, une légère chance d'infection et, très rarement, des dommages aux structures proches de la glande thyroïde. Le risque d'endommager les structures voisines est extrêmement faible car la procédure est réalisée sous guidage échographique. De plus, il est possible que les résultats de la BAF ne déterminent pas de manière définitive si un nodule est cancéreux. Si cela se produit, une nouvelle biopsie pourrait être nécessaire.