La biopsia por aspiración con aguja fina (BAAF) de tiroides se considera generalmente un procedimiento muy seguro. Sin embargo, como cualquier procedimiento médico, conlleva algunos riesgos potenciales menores. Estos riesgos suelen incluir sangrado menor o hematomas en el sitio de la biopsia, una ligera posibilidad de infección y, muy raramente, daño a las estructuras cercanas a la glándula tiroides. El riesgo de dañar las estructuras cercanas es extremadamente bajo debido a que el procedimiento se realiza bajo guía ecográfica. Además, existe la posibilidad de que los resultados de la BAAF no determinen de forma definitiva si un nódulo es canceroso. Si esto ocurre, podría ser necesaria una nueva biopsia.