Die Feinnadelaspirationsbiopsie (FNA) der Schilddrüse gilt im Allgemeinen als ein sehr sicheres Verfahren. Wie jedoch jeder medizinische Eingriff birgt sie einige geringfügige potenzielle Risiken. Diese Risiken umfassen typischerweise leichte Blutungen oder Blutergüsse an der Biopsiestelle, eine geringe Infektionswahrscheinlichkeit und, sehr selten, eine Schädigung von Strukturen in der Nähe der Schilddrüse. Das Risiko einer Schädigung benachbarter Strukturen ist aufgrund der Ultraschallführung des Verfahrens äußerst gering. Zusätzlich besteht die Möglichkeit, dass die Ergebnisse der FNA-Biopsie nicht endgültig bestimmen, ob ein Knoten bösartig ist. Sollte dies der Fall sein, könnte eine wiederholte Biopsie erforderlich sein.