A biópsia por aspiração com agulha fina (BAAF) da tireoide é geralmente considerada um procedimento muito seguro. No entanto, como qualquer procedimento médico, ela apresenta alguns riscos potenciais menores. Esses riscos tipicamente incluem sangramento ou hematomas leves no local da biópsia, uma pequena chance de infecção e, muito raramente, danos às estruturas próximas à glândula tireoide. O risco de danificar estruturas próximas é extremamente baixo devido ao procedimento ser realizado sob orientação ultrassonográfica. Além disso, existe a possibilidade de que os resultados da BAAF não determinem definitivamente se um nódulo é canceroso. Caso isso ocorra, uma biópsia repetida pode ser necessária.