Le diagnostic d'épididymite est généralement établi par un examen physique. Un toucher rectal peut être effectué pour évaluer l'hypertrophie ou la sensibilité de la prostate. En cas d'écoulement urétral, un échantillon peut être prélevé pour une analyse en laboratoire afin de dépister les infections sexuellement transmissibles telles que la gonorrhée et la chlamydia. Des échantillons d'urine et de sang sont analysés pour détecter toute anomalie. L'échographie Doppler couleur peut être utilisée pour évaluer le flux sanguin vers les testicules, ce qui aide à confirmer le diagnostic d'épididymite en identifiant toute déviation par rapport au flux sanguin normal.