Les tests de dépistage prénatal sont généralement considérés comme sûrs pour la mère et le bébé et peuvent être proposés à toutes les femmes enceintes qui les souhaitent. Cependant, les procédures de diagnostic prénatal invasives, qui impliquent de pénétrer l'environnement intra-utérin stérile avec une aiguille, comportent un faible risque de fausse couche. Pour l'amniocentèse et le prélèvement de villosités choriales (PVC), ce risque est d'environ 1 sur 200 à 1 sur 400. Pour le prélèvement de sang de cordon (cordocentèse), le risque est d'environ 2 sur 100.