Contrairement aux maladies courantes comme le rhume, la grippe ou la rougeole, qui se propagent facilement par voie aérienne, le virus Ebola est principalement transmis par contact direct. Le virus ne se propage pas avant l'apparition des symptômes.

Chez l'homme, le virus Ebola se transmet uniquement par contact direct avec les fluides corporels infectés d'une personne malade, tels que l'urine, la salive, la sueur, les selles, les vomissures, le lait maternel et le sperme. Le virus peut pénétrer dans le corps par des lésions cutanées ou les muqueuses, y compris les yeux, le nez et la bouche.

Une transmission indirecte peut également se produire par contact avec des surfaces ou des objets contaminés par les fluides corporels d'une personne infectée. Des exemples incluent :
* Les draps de lit
* Les vêtements
* Les pansements, les bandages
* Les aiguilles et les seringues
* L'équipement médical
* Les serviettes

Le virus peut initialement se transmettre aux humains à partir d'animaux sauvages infectés (notamment les chauves-souris, les primates et les antilopes des forêts) par contact direct avec leur sang ou d'autres fluides corporels lors de la chasse ou de la découpe.