La endometriosis puede afectar la fertilidad a través de varios mecanismos. Puede causar adherencias y obstrucciones en los órganos reproductores, particularmente en las trompas de Falopio, impidiendo así que el óvulo llegue al útero. La formación de endometriomas (quistes de chocolate) en los ovarios puede dificultar una ovulación sana y disminuir la reserva ovárica, reduciendo aún más las posibilidades de concepción. Además, las citocinas inflamatorias y los factores humorales liberados de las lesiones endometriósicas pueden afectar negativamente el desarrollo e implantación del embrión. Tras un tratamiento adecuado, se reporta un aumento del 40% en las tasas de embarazo dentro de dos años. Si la concepción natural sigue siendo infructuosa, se pueden considerar tecnologías de reproducción asistida como la fertilización in vitro (FIV).