Durante el procedimiento de EMG, se aplican al cuerpo estímulos eléctricos inofensivos y de baja frecuencia. Estos estímulos generalmente no causan dolor. El nivel de incomodidad causado por los electrodos de aguja estériles de un solo uso insertados en los músculos también es típicamente muy leve. En raras ocasiones, pueden producirse pequeños sangrados subcutáneos o hematomas leves en los sitios de inserción de la aguja.