EMG prosedürü sırasında, vücuda düşük frekanslı, zararsız elektrik uyarıları uygulanır. Bu uyarılar genellikle ağrıya neden olmaz. Kaslara batırılan tek kullanımlık steril iğne elektrotlarının oluşturduğu rahatsızlık düzeyi ise genellikle çok hafiftir. İğne giriş yerlerinde nadiren de olsa küçük cilt altı kanamalar veya hafif morarmalar meydana gelebilir.