La respuesta al tratamiento con esteroides durante los episodios de fiebre se considera un criterio diagnóstico importante. Los cultivos de garganta en estos pacientes típicamente no muestran crecimiento de estreptococos beta-hemolíticos; sin embargo, su presencia no descarta el síndrome. El diagnóstico de PFAPA debe considerarse en un niño que experimente al menos tres episodios de fiebre regulares y periódicos, de menos de siete días de duración. Estos episodios deben ir acompañados de faringitis y dolorosa hinchazón de garganta o úlceras aftosas en la boca. Además, el niño debe mostrar un crecimiento y desarrollo normales, parecer sano entre los episodios y presentar una resolución de los síntomas después de una dosis única de tratamiento con esteroides, siendo todos estos indicios diagnósticos. Los episodios de fiebre suelen durar entre 4 y 8 años; su frecuencia disminuye a medida que el niño crece, y finalmente se resuelven espontáneamente.