Eine Koloskopie ist im Allgemeinen ein sicheres Verfahren. Wie bei jedem medizinischen Eingriff gibt es jedoch einige potenzielle Risiken und Komplikationen. Diese Risiken sind in der Regel selten, können aber während oder nach dem Eingriff auftreten und umfassen: Blutung; Infektion; Ausstülpung der Darmwand (Divertikelbildung); Starke Bauchschmerzen; Unerwünschte Reaktionen auf während des Eingriffs verwendete Sedativa oder Anästhetika; Riss der Dickdarm- oder Rektumwand (Perforation); Schwerwiegende Komplikationen wie kardiovaskuläre Ereignisse, insbesondere bei Personen mit Herz- oder Blutgefäßerkrankungen.