कोलोनोस्कोपी आमतौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया है। हालांकि, किसी भी चिकित्सा प्रक्रिया की तरह, कुछ संभावित जोखिम और जटिलताएं होती हैं। ये जोखिम आमतौर पर दुर्लभ होते हैं, लेकिन प्रक्रिया के दौरान या बाद में हो सकते हैं और इनमें शामिल हो सकते हैं: रक्तस्राव; संक्रमण; बड़ी आंत की दीवार का बाहर की ओर निकलना (डायवर्टीकुला का बनना); तेज पेट दर्द; प्रक्रिया के दौरान उपयोग किए जाने वाले शामक या एनेस्थेटिक के प्रति प्रतिकूल प्रतिक्रियाएं; कोलन या मलाशय की दीवार का फटना (परफोरेशन); हृदय या रक्त वाहिका रोग वाले व्यक्तियों में विशेष रूप से हृदय संबंधी घटनाओं जैसी गंभीर जटिलताएं।