Kolonoskopi genel olarak güvenli bir prosedürdür. Ancak her tıbbi işlemde olduğu gibi, bazı potansiyel riskler ve komplikasyonlar mevcuttur. Bu riskler genellikle nadir olmakla birlikte, işlem sırasında veya sonrasında ortaya çıkabilir ve şunları içerebilir: Kanama; Enfeksiyon; Kalın bağırsak duvarının dışa doğru fıtıklaşması (divertikül oluşumu); Şiddetli karın ağrısı; İşlem sırasında kullanılan sedatif veya anestezik maddelere karşı olumsuz reaksiyonlar; Kolon veya rektum duvarında yırtılma (perforasyon); Özellikle kalp veya kan damarı hastalığı olan kişilerde kardiyovasküler olaylar gibi ciddi komplikasyonlar.