Bağırsak parazitleri genel olarak iki ana kategoriye ayrılır: Protozoalar ve Helmintler.

Protozoalar: Bunlar, mikroskobik boyutlarda, tek hücreli organizmalardır. İnsanlarda yaygın olarak görülen protozoa bağırsak enfeksiyonlarına neden olan türler arasında Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium ve Cyclospora cayetanensis bulunmaktadır. Bu parazitler genellikle kontamine gıda, su, toprak veya insan ve hayvan dışkısıyla kirlenmiş yüzeyler aracılığıyla yayılır. Örneğin, bakımı yetersiz kaplıcaların veya havuzların sularında bulunabilirler. Bazı protozoalar, konakçının dışında aylarca canlı kalabilen dirençli kistler oluşturur. Bu mikroskobik kistlerin veya parazitlerin yutulması enfeksiyonla sonuçlanır.

Helmintler: Bunlar, çıplak gözle görülebilen, çok hücreli bağırsak kurtlarıdır. Helmintler genellikle yassı kurtlar (trematodlar ve sestodlar) ve yuvarlak kurtlar (nematodlar) olarak sınıflandırılır. Yassı kurtlar grubuna tenyalar girerken, yuvarlak kurtlar kıl kurtları da dahil olmak üzere birçok türü içerir. Özellikle kıl kurtları (Enterobius vermicularis), insanlarda, özellikle çocuklarda en yaygın görülen bağırsak helmint enfeksiyonlarından biridir.