Sialendoskopi, geleneksel açık cerrahi prosedürlere kıyasla belirgin şekilde daha düşük bir komplikasyon insidansına sahiptir. Bu durumlar nadir görülmekle birlikte, potansiyel komplikasyonlar şunları içerebilir:
* Ağrı
* Şişlik
* Kanal travması
* Tükürük fistülü
* Hastalığın tekrarlaması
* Dilde parestezi