Tüp bebek tedavisinin ilk aşaması kadını tedaviye hazırlamaktır. Bu hazırlık iki yöntemle yapılabilir: Birincisi, adetin 21. gününden başlayıp yaklaşık 3-3,5 hafta süren ve yumurta toplama işlemiyle sonuçlanan uzun protokol (long protokol); ikincisi ise adetin 2-3. gününden başlayıp yaklaşık 10-12 günde yumurta toplama işlemini içeren kısa protokol (antagonist protokol). Elde edilen embriyoların rahim içine transferi ise hastanın durumuna ve doktorun tercihlerine bağlı olarak taze embriyo transferi (yumurta toplama ile aynı dönemde) veya dondurulmuş embriyo transferi (embriyoların dondurulup saklanarak daha uygun bir tarihte transfer edilmesi) şeklinde gerçekleştirilir.