Doğuştan gelen penis küçüklüğü, yaygın olarak mikropenis olarak adlandırılır, genellikle fetal endokrin eksikliklerinden kaynaklanır. Erkek gonadal hormonlarının düşük seviyeleri ile karakterize olan hipogonadotropik hipogonadizm sık görülen bir nedendir. Mikropenis ayrıca çeşitli genetik sendromlarla ilişkili olabilir veya idiyopatik nedenlerle ortaya çıkabilir.
Doğuştan olmayan, sonradan gelişen penis kısalığı ise belirli tıbbi durumlara, cerrahi müdahalelere ve bazı doğuştan gelen anomalilere bağlı olabilir. Bu durum, Peyronie hastalığı gibi rahatsızlıklarda, radikal prostatektomi (genellikle prostat kanseri için yapılan) gibi cerrahi prosedürlerin ardından veya spesifik konjenital malformasyonlar nedeniyle gözlemlenebilir.