Врожденная малая длина полового члена, обычно называемая микропенисом, часто проистекает из фетальных эндокринных дефицитов. Гипогонадотропный гипогонадизм, характеризующийся низким уровнем мужских гонадальных гормонов, является частой причиной. Микропенис также может быть связан с различными генетическими синдромами или развиваться по идиопатическим причинам.
Приобретенное укорочение полового члена, отличающееся от врожденных случаев, может быть связано со специфическими медицинскими состояниями, хирургическими вмешательствами и некоторыми врожденными аномалиями. Это явление может наблюдаться при таких состояниях, как болезнь Пейрони, после хирургических процедур, таких как радикальная простатэктомия (часто выполняемая при раке простаты), или из-за специфических врожденных пороков развития.