La petite taille congénitale du pénis, communément appelée micropénis, résulte souvent de déficiences endocriniennes fœtales. L'hypogonadisme hypogonadotrophique, caractérisé par de faibles niveaux d'hormones gonadiques masculines, en est une cause fréquente. Le micropénis peut également être associé à divers syndromes génétiques ou avoir des origines idiopathiques.
Le raccourcissement du pénis acquis, distinct des cas congénitaux, peut être lié à des conditions médicales spécifiques, des interventions chirurgicales et certaines anomalies congénitales. Ce phénomène peut être observé dans des affections telles que la maladie de La Peyronie, après des procédures chirurgicales comme la prostatectomie radicale (souvent réalisée pour le cancer de la prostate), ou en raison de malformations congénitales spécifiques.