Genellikle nadir olmakla birlikte, PFO kapama prosedürleri bazı potansiyel riskler taşımaktadır. Bunlar arasında kapama cihazı veya kılavuz teller nedeniyle kalp ve damar duvarlarında delinme veya yırtılma yer alabilir. Cihaz ayrıca komşu kalp dokularına zarar verebilir ve bu durum cerrahi düzeltmeyi gerektirebilir. Bazı durumlarda, cihaz kalp boşluklarında yerinden oynayabilir ve cerrahi müdahale gerektirebilir. İşlem sonrası nadir görülen komplikasyonlar arasında antibiyotik tedavisi gerektirecek enfeksiyonlar bulunur. Nadiren, kapama cihazı üzerinde kan pıhtıları oluşabilir ve çok nadiren felce yol açabilir. Ek olarak, işlem sırasında ve sonrasında kalp ritim bozuklukları (aritmi) gelişebilir.