Obwohl im Allgemeinen selten, bergen PFO-Verschlussverfahren bestimmte potenzielle Risiken. Dazu gehören die Perforation oder das Reißen der Herz- und Gefäßwände, die durch das Verschlussgerät oder die Führungsdrähte verursacht werden können. Das Gerät könnte auch benachbartes Herzgewebe schädigen, was möglicherweise eine chirurgische Korrektur erforderlich macht. In einigen Fällen könnte sich das Gerät in den Herzkammern lösen und einen chirurgischen Eingriff erfordern. Seltene Komplikationen nach dem Eingriff sind Infektionen, die eine antibiotische Behandlung erfordern würden. Gelegentlich können sich Blutgerinnsel am Verschlussgerät bilden, was sehr selten zu einem Schlaganfall führt. Zusätzlich können sich Herzrhythmusstörungen (Arrhythmien) sowohl während als auch nach dem Eingriff entwickeln.